Les "madôshi" sont des magiciens qui appartiennent a des organisations appelées "Guildes". Mais une en particulière est mise en avant : Le Fairy Tail. Cette guilde est très réputée pour sa puissance mais également pour les dégats engendrés par ses membres.
Lucie une jeune "madôshi" dîte "seirei" car sa spécialité est les invocations, veut rejoindre Fairy Tail. Mais malheuresement elle tombe sur un imposteur qui se prétend être Salamander (un membre du Fairy Tail réputé pour sa maîtrise impressionante du Feu). Cet imposteur nommé Bora lui promet de la faire rentrer dans cette grande guilde, si elle le suit. Mais elle est sauvée par Natsu un garçon aux cheveux roses qui corrige Bora, lui ayant usurpé son identité!
Natsu est à la recherche d'Igunir, un dragon disparu subitement qui l'a élevé et lui appris la magie. Accompagné de Lucie et de Happy un chat avec des pouvoirs, Natsu commence une grande aventure!